En 2000-2001, un nouveau programme scolaire national a été mis en place à Malte. Depuis, le système d'éducation offre plus de possibilités et d'opportunités professionnelles aux étudiants.
Le système éducatif maltais est basé sur le modèle britannique, et les parents peuvent choisir d'envoyer leur enfant dans une école publique, privée ou religieuse. L'école est obligatoire de 5 à 16 ans ; au delà, les jeunes peuvent choisir de rentrer dans la vie active ou continuer leurs études. L'année scolaire s'étend d'octobre à juillet, et les vacances d'été vont du 15 juillet au 30 septembre.
La scolarité est divisée en trois phases : primaire, secondaire et tertiaire. Les enfants entrent à la maternelle à 3 ans avant d'aller à l'école primaire (de 5 à 11 ans), puis à l'école secondaire (de 11 à 16 ans). Les cours sont dispensés en anglais et en maltais.
Pour l'éducation secondaire, il y a le choix entre trois options : les "junior lyceums", les écoles secondaires et les écoles religieuses/privées. Certains junior lyceums et certaines écoles religieuses font passer un examen d'admission. Les études secondaires durent toujours un minimum de cinq ans, divisés en un cycle de deux ans puis un cycle de trois ans.
Dans les junior lyceums, les deux premières années sont le "cycle d'orientation", et les trois dernières le "cycle de spécialisation". Dans les écoles secondaires, le cycle d'orientation implique de se familiariser avec les matières. À la fin des deux/trois années, les jeunes ont une idée de leurs matières préférées et peuvent ensuite se spécialiser. À la fin des cinq ans, les élèves doivent passer le Certificat d'éducation secondaire (Secondary Education Certificate), après lequel ils pourront faire leur dernière année (cycle secondaire supérieur) et se préparer pour le Certificat de fin d'études (Matriculation Certificate) qui leur permettra de passer à l'université.
L'Université de Malte, reconnue par d'autres grandes universités étrangères, est l'unique université de l'île. Le MCAST (école des arts, de la science et de la technologie) est une autre institution qui dispense des formations professionnelles.
Le système d'éducation maltais est très bien organisé et dispose d'un excellent taux de réussite : 54% des élèves d'écoles secondaires maltaises font des études supérieures, et le reste se fait embaucher à temps complet.
Le "Education Act" de 1998 couvre toute législation liée à l'éducation, ce qui comprend un programme national minimum pour toutes les écoles, et des conditions minimum d'hygiène, de sécurité, d'infrastructures et de dimension des classes.